Dana Scully, uma brilhante agente do FBI formada em medicina forense é convocada para reportar as investigações de Fox Mulder nos Arquivos X - setor onde o FBI deposita os casos de natureza duvidosa, inexplicáveis.

Alguns dos elementos que marcaram esta fantástica série já podem ser conferidos na primeira temporada: a convicção no improvável de ‘Spooky’ Mulder (como ficou conhecido pelos corredores), o ceticismo inabalável de Dana Scully, teorias sobre diversas conspirações que convergem em aliens, mutantes, paranormais, e o misterioso interesse do governo em acobertar todo e qualquer assunto bizarro.

Com o passar da série, Mulder tem seu passado revelado. Apesar de ter sido considerado um dos mais promissores agentes do FBI, seu trabalho nos Arquivos X começa a incomodar pessoas de alto escalão. Já Dana, sempre emprestando sua objetividade e eficiência às investigações, acaba envolvida pelos casos inexplicáveis que presencia e ajuda a resolver - mas nunca desiste de procurar explicações racionais aos ocorridos. E é isso que acaba tornando a série tão interessante: Dana é o elemento de equilíbrio, não só de Mulder, mas também do expectador.

Outros personagens que se tornaram famosos na série apenas começam a aparecer. O “Canceroso” tem uma breve aparição no episódio piloto e depois volta aparecer nos episódios finais, cercado de mistério e sem a alcunha que vai torná-lo conhecido nas próximas temporadas. O diretor Skinner também tem um papel menor nesta primeira temporada, ganhando força no final. 

Como a série já tem mais de quinze anos, qualquer coisa envolvendo informática, computadores, softwares são um tanto datados - não pelo roteiro, mas pelos elementos visuais da produção, como no episódio “O Fantasma da Máquina” (Ghost in the Machine). 

Alguns episódios merecem destaque, como o piloto “A Verdade está lá fora” (Deep Throat) e “Jogo de Gato e Rato” (The Erlenmeyer Flask) - um dos melhores da primeira temporada.

Outros destaques são os dois episódios envolvendo Eugene Tooms, um assassino em série com o poder de se esgueirar por mínimas frestas e passagens. Ele precisa de cinco fígados a cada trinta anos para poder hibernar - “O Assassino Imortal” (Squeeze) e “Tooms Está de Volta” (Tooms Eugene). 

Mas o grande episódio da temporada é “O Vidente” (Beyond the Sea). Dana perde o pai no começo do episódio, enquanto começa a cuidar de um caso envolvendo um prisioneiro condenado a morte que diz poder se comunicar com mortos. Scully relutantemente acredita no paranormal, pois ele dá mostras de seus poderes falando em particular com ela a respeito do relacionamento com seu pai. Mulder, por sua vez, usa sua técnica para tentar provar que o vidente é um impostor. Essa inversão de papéis é o grande barato deste episódio. Muito talento dos atores e um roteiro acima da média, valeria pela temporada como um todo.